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Auch das Stift in Heiningen steht in engem Zusammenhang mit der Pfalz Werla: Es wurde um 1000 von den Damen Hildeswid und Alburgis aus der Adelsfamilie der Billunger gestiftet und mit umfangreichem Grundbesitz ausgestattet. Von Kaiser Heinrich II. liegt ein im Jahr 1013 erlassenes Schutzprivileg vor. Das Kloster erfuhr aus adligen Kreisen zahlreiche Schenkungen, viele unverheiratete Töchter traten dem Konvent bei. Heiningen besaß seit 1174 Ländereien im Umland von Werla und erhielt alle Abgaben. Diese Einnahmen trugen wesentlich zum Aufstieg des Klosters bei. Von den mittelalterlichen Gebäuden ist nur noch die Kirche mit kreuzförmigem Grundriss und Turm erhalten. Das Langhaus gliedert sich in ein Mittelschiff und zwei halbhohe Seitenschiffe, ein quadratischer Chor und eine halbrunde Apsis schließen sich nach Osten an. Im Inneren fallen die Fenster im Obergaden und die weiten Blendbögen auf. Die eigentliche Öffnung zu den Seitenschiffen ist durch Säulen mit Würfelkapitellen geteilt. Im 12. Jahrhundert wurde das Kloster umgebaut, seit 1140 war es Kirche der Pfarrei Heiningen. Nach einer Zeit des Niedergangs kam es erst im 15. Jahrhundert zu einer neuen Blüte. Zwischen 1542 und 1629 wechselte das Kloster dann zweimal die Landesherrschaft und fünfmal die Konfessionszugehörigkeit. Im Dreißigjährigen Krieg verlor Heiningen fast alle seine Besitzungen und die Gebäude wurden mehrfach zerstört. Ab 1658 entstanden schließlich neue Klostergebäude, wobei für den Wiederaufbau auch Steine verwendet wurden, die man von der Kirchenruine der Pfalz Werla holte. Mit der Säkularisation wurde das Kloster Heiningen 1810 aufgehoben und das zugehörige Land verkauft. Die Klosterkirche wurde Staatseigentum.