Der in Salzgitter liegende Abschnitt der Innerste gehört komplett zum NSG „Mittleres Innerstetal mit Kanstein“ und ist zugleich FH- und EU-Vogelschutzgebiet.
Auf den Schwermetallfluren wachsen Hallers Grasnelke, Hallers Schaumkraut und Dreifarbiges Stiefmütterchen. Besonders häufig ist auch Thymian, der besonders im Sommer sein angenehmes Aroma verbreitet. Auch die Heidenelke kommt hier vor.
Eine Besonderheit im Innerstetal ist der Warzenbeißer, unsere größte Heuschrecke. In der Flussaue sind zahlreiche Schmetterlinge und andere Insekten zu finden, die im Umland sehr selten sind oder ganz fehlen, so verschiedene Widderchen, darunter auch Grünwidderchen. Auch die Gebänderte und die Blauflügel-Prachtlibelle fliegen hier. Seit nun schon einigen Jahrzehnten kommt die aus Südeuropa stammende Wespenspinne hier vor und ist stellenweise häufig, ebenso die Streifenwanze.
Besondere Brutvögel und Nahrungsgäste an der Innerste sind Mittelsäger, Eisvogel, Schwarzstorch, Wasseramsel und Gebirgsstelze. Leitfisch ist die Bachforelle.
